牧教授の奥方が放射性物質によって亡くなったというのが劇中でも出ていました。
そして牧教授は放射性物質研究の第一人者です。

放射能による被爆で亡くなるのは体内に摂取したケースに限られます。
原爆の放射能を直接浴びたなど余程の線量を浴びたなら別ですが、その場合はほぼ即死です。
原爆投下後の広島ですべての人が放射線障害になっていないのはそこが運命を別けたからです。
放射性物質を帯びた水や食べ物を摂取する事で体内に残留し、排除出来ない事から継続して放射能のダメージを受ける、それが一番の原因になります。
そして第一人者である牧教授がそれを知らないのはおかしい。

ここからは妄想交じりの推測です。
牧教授は線量低下の為に研究を重ねる中で自宅にも持ち込んで実験をしていたのではないでしょうか。
それによる事故で妻が被爆、しかし国の関与しない所の事故なので支援を得られずにむざむざを亡くしてしまった。
その中でゴジラ幼体を知り、研究を重ねる中でその進化特性と半減化能力、相反するような体内炉に気づいてしまった。
狂おしい程求めたものがそこにあり、もう遅い。
そしてその狂気は国に奉公したいがための研究だったのに支援しなかった恨みと変化した。
牧教授の研究はその時点でゴジラの特性を探るものになったでしょう、如何に進化するのか。
恐らくは0形態の幼体を所持し、後は自分を加えるだけの状態、そして自分を加えれば爆発的に進化が進行する状態まで知った上で東京湾へと赴いた。

何故か、彼の復讐を委託する為に、そしてその復讐の権化こそが福音である可能性も含ませる事で科学者としての矜持も込めた。
大事なものを失った牧というひとりの復讐鬼として「春と修羅」を。
研究者としての願いを込めて折り鶴を置いたのでしょう。

果たして彼の祈りは届いたのでしょうか。
それとも復讐は成ったのでしょうか。
核にまつわる全ての犠牲を昇華した存在である様に思えます。

もっとも、こうした解釈には否定的な自分もいます。
太陽とて核エネルギーですから。

コメントありがとうございます。

庵野監督も余り考えず描いている作品もあるらしいので、もしかしたら深い意味などなく、おっしゃられるようなそのままの内容だったのかもしれませんね。ただそうなると、折り鶴や春と修羅、牧教授自体の存在を出しておいて放棄したことになるので、作品としては少々よろしくないのかなと。
出した以上は、何かしらの意味を込めていてもらいたいものです。

シンゴジラがなぜ東京に向かうかは未だに謎なのですが、以前本サイトに「背びれが生体レーダー（フェーズドアレイレーダー）の役割していて、電波密集地の東京に引き寄せれている」という解釈コメントを頂きました。私はこれが一番しっくりきています。今回のゴジラは劇中でも生物的な面が強く押し出されているため、何らかの意思や使命をもって東京に向かったのではないんじゃないかと思っています。単純に生物のレーダー本能で東京に引き寄せられていっただけなのかと。

もし牧教授がゴジラで何かをしようとしていたなら、ゴジラは操れないただの生物として考えた上で計画を進めたんじゃなかなとも思っております。

コメントありがとうございます。

そう言った事も考えられそうですよね。私も監督が庵野さんなので、どうしてもとんでもない方向を疑ってしまいます。公にはしなくとも何かあるんじゃないかと。。

矢口（でしたっけ？主人公）が「教授の好きにしたとはどういう意味だったんだ？」というようなことを呟いた後に、ゴジラの尻尾がピシッ！っとなる場面が出て来るので、単純に尻尾が答えを示す＝ラストシーンだと思います。
尻尾が人型＆船上でいなくなったというところから、自分の身を使ってDNAを取り込ませたというのが分かるラストシーンですよね。
更に、なぜゴジラが上陸したのかも、その進化のためだったということを示唆する意味もあったラストだと思います。まぁここについては具体的になぜ東京だったのかとかは分からないので、こうして私は人の意見を見に来たのですが…

とりあえず、ここで止めてなければ、空を飛ぶ人型の危険な生き物が生まれてしまってましたよ　という意味のあるラストだったとは思いますが、巨神兵うんぬんとかまだ生きてて続きがあるとか、そういう意味は含んでないと思いますね。それは蛇足っていうやつですわ。
とはいえ、色々なことが分かるラストではありますよね。

コメントありがとうございます。

放射能半減能力は、一瞬でしたが対策本部のシーンで触れられていたかと思います。
おしゃられているように、超細胞の力で周囲の放射能を急激に半減できると。
また「ゴジラVSデストロイア」でもゴジラが散りゆく間近に、周囲の放射能が急激に低下する現象を描いていたため、
東宝内でこういった設定を昔から作っていた可能性もありえそうです。

匿名さまへ
横から失礼します。

牧教授の怨念が〜、修羅が〜
というのが推論であって根拠が無いとのことですが、
たしかに、あくまで推論であって叙述的な考察だとは思いますが、少なくとも「牧教授が自らの意思でシンゴジラに取り込まれ、その進化に意図的に貢献した=“好きにした”」というのは劇中情報だけで確定してると思いますよ。
遺伝情報、ないし放射性物質を、生物本能として吸収しに行ったのは確かだと思います。
牧教授がコントロールできていたかどうかは分かりませんが、その本能を理解し利用しようとしていたのは確実です。
（その真意となると、修羅→悪意ある崩壊&再生ということなのか、善意からの人類の更生なのかまでは推測できませんが…。）

これはゴジラ上陸後の被害者の描写が一切ないことなどから分かります。
私は見に行った時、なんだ…グロシーンはないのか…ってちょっとがっかりしたのですが、
帰宅後、このブログで「シンゴジラは人間を取り込んで進化を続けている説」を拝見して確信に至りました。

・牧教授の船にて、なぜか靴だけがきちんと揃えて置いてある。本人の姿はない。
・上陸後の被害者が、本来なら建物の倒壊によって圧死するはずなのに、そのグロ描写が一切ない。
・倒壊地域の描写でも、被害者の遺体がないのになぜか靴だけ落ちているシーンがある。（ごめんなさい、一度しか見てないので本当に遺体がなかったか検証できてないです。）
・なぜ都心を目指すのか。
・遺伝情報の多さが、従来の生物を超越している。
・結局「好きにした」とは何をしたことかが分からない。
・エンディング、尻尾から見える謎の人型描写。
・世界各国へ飛来するという発言がなぜ出るのかが不明確（その時点で１個体でしかなかったシンゴジラから、どうすればそこへ発想が飛躍できるのかが不明瞭）。

これらの疑問が、たった１つの「人間を吸収している」という説で全てすんなり説明できてしまうのは驚愕でした。

なぜ牧教授の船の上では、律儀に靴が揃えてあったのでしょう？
もし海へ逃げるのであれば、船の淵にあるはずだし。
もしゴジラに意図せず巻き込まれたのであれば靴等全て荒れていたはずですし。
つまり、あの律儀な靴揃えは、牧教授の「これからシンゴジラに吸収されにいきます」という意思表示だと思われます。（その遺書としての役割が、“折り鶴”に込められた妻への愛であったり、“春と修羅”に込められた亡くなったものへの苦悩と憤り、ひいては人間という領域を超えて神:シンゴジラへと同化するという修羅の道なのだと個人的には考えています。）

その真意までは善意か悪意かなどまでは、邪推の域を出ませんが、
少なくとも、好きにするということの方向性は劇中で提示されていたと考えられます。
すなわち、自らも吸収されることで、「シンゴジラの進化過程に貢献する」ということです。

また、
・上陸後の被害者は全て吸収されたから、どこにもグロ描写はない。
・遺体は吸収された後なので、靴だけが転がっている。
・東京は人口密度１位。遺伝情報がわんさか。うがった見方をすれば、震災から関東圏の人間は放射性物質を溜め込んでしまっているという邪推/俗説から、その溜め込まれた放射性物質をも餌場として認識した。
・魚類からの進化、両生類、爬虫類ときて、なぜ最後に人間なのかというと、遺伝情報に組み込み続けたのが人類なので。
・遺伝情報が多いのは、遺伝情報を取り込めるという能力の示唆。
・「好きにした」は、「靴を揃える」という意図の中に、その意思の方向性が暗示されている。
・ラストの人型は、取り込んだ人間を使った第５形態。
・飛来するというのは、第５形態を最後に出すだけでは説得力が薄いので、不自然ではあっても作中なるべく早く喋らせてリードしたかった。
またこのリードの手法は、折り鶴とも共通します。牧教授の残した暗号を「紙に書いてるから」というだけで「あっ！折り鶴か！」では説得力がないので、印象に残りやすい冒頭に折り鶴を早く出しておく必要があった。
こうすることで、「折り鶴で遺伝子理論」も、「尻尾の人型で第５形態理論」も、作者側からリードすることができる。

全部綺麗に説明がつくんですよね……たった１つの仮説から。
凄いと思いました。